Implementing Local alignment in c++

A local alignment aligns a substring of the query sequence to a substring of the target sequence. The substrings may be all of one or both sequences; if all of both are included then the local alignment is also global. A local alignment is defined by maximizing the alignment score, so that deleting a column from either end would reduce the score, and adding further columns at either end would also reduce the score. For example, consider this global protein alignment:

            Query WSEQVDNCEA

                   ||||+|||          
           Target KSEQVENCEN

C++ CODE

#include <string>

#include <iostream>

#include<conio.h>

using namespace std;

 int main()

{

string base1;

string base2;

int gap=0;

int match=+2;

int mismatch=1;

int d,h,v;

cout<<" enter 1st string"<<endl;

cin>>base1;

cout<<"enter your second string"<<endl;

cin>>base2;

cout<<"Second string you entered is;  "<<base1<<endl;

cout<<"Second string you entered is;  "<<base2<<endl;

                  

           

  int len1=base1.length()+1; 

       

  int len2=base2.length()+1;

/////dynamic array initializing

  ////int arr1[len1][len2] gives compiler error so to overcome it we make dynamic array

 int** arr1= new int*[len1];

 for (int i=0;i<len1;i++)

 {

 arr1[i]=new int[len2];

 }

 ////filling of rows and columns

 arr1[0][0]=0;

 ////row filling

 for (int j=1;j<len2;j++)

 {

 arr1[0][j]=0;

 }

 ////  column filling

 for(int i=1;i<len1;i++)

 {

 arr1[i][0]=0;

 }

 //// string comparison ////

 for (int i=1;i<len1;i++)

 {

 for (int j=1;j<len2;j++)

 {

            if (base1[i-1]==base2[j-1])

      {

        d=arr1[i-1][j-1]+match;

       }

 //// for mismatch

 else

 {

 d=arr1[i-1][j-1]+mismatch;

 v=arr1[i-1][j]+gap;

 h=arr1[i][j-1]+gap;

 

 }

 if (d>v&&d>h&&d>0)

 {

 arr1[i][j]=d;

 }

 else if (h>d && h>v&&h>0)

 {

 arr1[i][j]=h;

 }

  else if (v>d && v>h&&v>0)

 {

 arr1[i][j]=v;

 }

   else if (d==v ||d==h|| v==h||d==0)

 {

 arr1[i][j]=d;

 }

 }

 }

 //printing of the array

for(int i=0;i<len1;i++)

{

 for (int j=1;j<len2;j++)

 {

 cout<<arr1[i][j]<<"\t";

}

 cout<<endl;

}

//// code for backtracking

 int r;

 int c;

 int a=len1; //// row

 int b=len2; //// coloumn

 

 char* arr2= new char[len1];

     char* arr3= new char[len2];

  for (int r=0;r<len1;r--)

  {

for (int a=len1;a>=len1;a--)

        {

          for (int j=len2;j>=0;j--)

                        if (arr1[a][b]==d)

                              {

                            arr2[r]=base1[a];

                          arr3[c]=base2[b];

                          a--;

                          b--;

                          r++;

                          c++;

                             }

                        else if (arr1[a][b]==v)

                         {

                        arr2[r]='-';

                          arr3[c]=base2[b];

                          b--;

                       

                          r++;

                          c++;

                         }

                         else if (arr1[a][b]==h)

                        {

                        arr2[r]=base1[a];

                        arr3[c]='-';

                       

                        a--;

                        r++;

                        c++;

                        }

       

 for (int r=len1;r>=len1;r--)       

  {

for (int c=len2;c>=0;c--)

{

           

cout<<arr2[r]<<"\t";

cout<<arr3[c]<<"\t";

                   

                                }

                            }

                        getch ();

                        return 0;

                        cout<<endl;

                       }

                   }

               }